Los casos de Barrios Altos y La Cantuta constituyen crĂmenes de lesa humanidad. La sentencia dictada por la Sala Penal Especial, presidida por el juez San MartĂn en el parágrafo 823, condena a Alberto Fujimori como autor mediato los delitos de asesinato, lesiones graves (Barrios Altos y La Cantuta) y secuestro agravado (Gorriti y Dyer), estableciendo que, “Los mencionados delitos de homicidio calificado y lesiones graves constituyen crĂmenes contra la humanidad segĂşn el Derecho Internacional Penal.”
El asesinato, las lesiones graves y secuestro agravado, están tipificados en el CĂłdigo Penal de 1991 y consecuentemente, no existe ninguna violaciĂłn del principio de legalidad penal. Lo que hizo el tribunal fue calificar los hechos de Barrios Altos y La Cantuta como crĂmenes de lesa humanidad. Esta es una calificaciĂłn complementaria que no tiene efectos incriminatorios ni punitivos, aunque si tiene efectos de carácter secundario. En los Fundamentos la sentencia presenta el desarrollo histĂłrico de los delitos de lesa humanidad desde los Convenios de La Haya relativo a las Leyes y Costumbres de la Guerra Terrestre de 1899 y 1907, asĂ como de la nociĂłn de crĂmenes de lesa humanidad que por primera vez fue consagrada de manera explĂcita en el artĂculo 6° del Estatuto del Tribunal Internacional de Nuremberg (1945). AsĂ, hacia 1991 toda la comunidad internacional no tenĂa ninguna duda que crĂmenes como Barrios Altos y La Cantuta constituĂan un ataque no solo contra las vĂctimas directas, sino contra el conjunto de la humanidad.
En el juicio se logrĂł acreditar que Barrios Altos y La Cantuta fueron 2 de una docena de operaciones ejecutadas por el Destacamento Colina entre 1991 y 1992 en las cuales siempre ejecutaron personas, acreditando asĂ el ataque sistemático. Se probĂł que esos hechos eran parte de una polĂtica de Estado; que los ejecutores materiales y el autor mediato eran funcionarios pĂşblicos y que las vĂctimas eran parte de la poblaciĂłn civil, demostrándose los cuatro requisitos que el derecho penal internacional exige para calificar un hecho como crimen de lesa humanidad.
El caso Barrios Altos fue reabierto en abril de 2001, luego que la Corte Interamericana de Derechos Humanos declarĂł sin efectos jurĂdicos las leyes de amnistĂa. Algunos meses despuĂ©s, el 13 de setiembre de 2001 la VocalĂa de InstrucciĂłn abriĂł el proceso penal contra Alberto Fujimori por este caso al haberse establecido que habĂa desarrollado “…mecanismos de violaciĂłn sistemática de los derechos humanos con el pretexto de acabar con los Ăşltimos rezagos de los movimientos subversivos que operaban en el paĂs…”  El año 2002, el fiscal Richard Saavedra y el 2003 el fiscal Eduardo Mundaca se pronunciaron señalando expresamente que -al amparo del derecho internacional consuetudinario- Barrios Altos constituĂa un crimen de lesa humanidad.
Durante el juicio oral el intenso debate probatorio sobre la existencia de un contexto de violaciĂłn de los derechos humanos durante los noventa ayudĂł a la parte civil, desde la primera sesiĂłn, a desarrollar los fundamentos del crimen de lesa humanidad. En este debate participĂł la defensa del condenado. AsĂ, la calificaciĂłn no fue una sorpresa, sino una conclusiĂłn.
La calificaciĂłn no es declarativa ya que si tiene efectos de carácter secundario porque  cuando un hecho es calificado como un crimen de lesa humanidad automáticamente se transforma en imprescriptible y habilita la jurisdicciĂłn universal y quedan prohibidos el otorgamiento de amnistĂas e indultos. Esta prohibiciĂłn la encontramos en la jurisprudencia de la Corte Interamericana. AsĂ, en la sentencia GutiĂ©rrez Soler Vs Colombia, (12/09/ 2005), la Corte declara que “…El Estado deberá abstenerse de recurrir a figuras como la amnistĂa, el indulto, la prescripciĂłn…”
Entonces no queda duda que Alberto Fujimori fue condenado por los delitos de asesinato y  lesiones graves tipificadas en nuestra ley penal nacional, los que de acuerdo al derecho penal internacional constituyen crĂmenes de lesa humanidad.
En relación a la condena por el delito de secuestro agravado debemos señalar que la ley penal nacional (decreto legislativo 982) establece que está prohibido el indulto para los condenados por este delito.
De esta manera tenemos un marco legal de prohibiciĂłn para el otorgamiento de los indultos comunes.
En el caso de los indultos humanitarios para condenados por graves violaciones a los derechos humanos no existe una prohibiciĂłn en el derecho internacional. Este indulto se otorga por un principio de humanidad ante el grave estado de salud del condenado.
Ahora bien, en ambos casos –indultos comunes e indultos humanitarios- su otorgamiento solo procede como consecuencia del cumplimiento de los procedimientos establecidos en el reglamento de la Comisión de Gracias Presidenciales del Ministerio de Justicia. Si bien el indulto es una facultad constitucional del Presidente de la República el otorgamiento a un condenado no puede ser el resultado de una decisión arbitraria del jefe de Estado.
En ambos casos resulta indispensable que el condenado, sus familiares o su abogado presenten una solicitud a la mencionada comisión. En el caso del indulto humanitario luego de la solicitud se debe instalar una Junta Médica, la cual debe emitir opinión técnica sobre el estado de salud del solicitante.
Adicionalmente, para el otorgamiento de un indulto debe observarse si ha existido un a voluntad de reparaciĂłn del condenado y una expresiĂłn de perdĂłn al ofendido o a las vĂctimas del crimen. Fujimori no ha pagado un sol de la reparaciĂłn civil y tampoco ha hecho pĂşblica una solicitud de perdĂłn. Muy por el contrario hasta el dĂa de hoy, por diversos medios y en diversas circunstancias, ha negado su participaciĂłn en los crĂmenes por los que resulto condenado y más bien ha calificado a la sentencia condenatoria como expresiĂłn de “una venganza de sus enemigos”.
Por lo tanto, el condenado Alberto Fujimori Fujimori bajo ninguna circunstancia califica para un indulto comĂşn y en este momento, tenido en consideraciĂłn su estado de salud, tampoco califica para un indulto humanitario.