En el año 2009 cuando iniciaron los primeros trabajos del Sistema Integrado de Transporte su ejecución se estimó en 278 millones de nuevos soles. Hoy, tres años después el costo de este proyecto se elevó a los 500 millones de soles.
Según explicó el director de Planeamiento y Presupuesto del Ministerio de Transportes y comunicaciones, Henry Zaira Rojas, la variación se debe al encarecimiento de los materiales de construcción y a los nuevos estudios de ingeniería de detalle que deben ejecutarse. Por ejemplo, en el 2005, cuando se cotizaron los materiales, realizar la infraestructura vial costaba S/. 217 millones, sin embargo, en la actualidad se necesitan S/. 352 millones para el mismo fin. A este monto hay que sumarle el costo de los demás componentes del proyecto. Así, la integración tecnológica (componente II) y el soporte (componente III) demandarán S/. 48 millones.
Otros trabajos como las ciclovías, peatonalización y semaforización, serán ejecutados como un proyecto de inversión pública y necesitarán otros 97 millones de soles.
A pesar del encarecimiento del proyecto, el funcionario del MTC, manifestó que el gobierno sigue interesado en apoyar en la inversión de este proyecto ya que consideran que podría ser un ejemplo para replicar en otras regiones con los mismos problemas de caos en el transporte.