El primer caso que fue derivado a la Fiscalía Supraprovincial Especializada en delitos de Corrupción de Funcionarios fue el caso de la carretera Arequipa – La Joya a comienzos de agosto, el que investiga presuntos actos de corrupción denunciados por la prensa. Ahora, el titular de la Segunda Fiscalía Provincial Penal, Sandro Paredes Quiroz, decidió derivar a esta fiscalía la investigación del Puente Chilina, debido a su complejidad.
El proyecto del Puente Chilina, cuya culminación se ha anunciado para noviembre, tiene como fin unir los distritos de Miraflores, Yanahuara, Selva Alegre y Cayma, y descongestionar la avenida Ejército, pero se encontraron varias irregularidades en su ejecución.
Entre las principales, haberlo ejecutado directamente sin cumplir los procedimientos de ley, y ser ejecutada por Administración Directa, a pesar de ser competencia municipal. También se ha denunciado variaciones sucesivas del trazo que hicieron incurrir en mayores gastos y sobrevaloración en la adquisición de los terrenos aledaños. Las investigaciones han involucrado a 18 funcionarios, entre ellos al presidente del GRA, Juan Manuel Guillén, y el ex alcalde provincial de Arequipa, Simón Balbuena.
Los delitos que se les imputa son: colusión, falsedad ideológica, malversación de fondos, entre otros. Así, los casos de la carretera Arequipa – La Joya y el Puente Chilina, serán investigados por el fiscal Hamilton Castro Trigoso, en la capital, debido a su complejidad del caso y a la gravedad de las irregularidades.