El hospital Honorio Delgado vuelve a encontrarse dentro de la polémica, pero esta vez no por falta de presupuesto o una protesta del cuerpo médico, sino por una serie de irregularidades que la Comisión Supervisora de la gestión administrativa del Honorio Delgado detectó durante el proceso de fiscalización e investigación realizado en su interior.
La comisión expuso los resultados mediante la Resolución Ejecutiva N° 295-2015-GRA/PR; entre las más relevantes está la adquisición del ecógrafo 3D y 4D Eco Dopler, el cual muestra una claro direccionamiento al único postor que ofreció el equipo médico, ya que no era un aparato que se requería con rapidez en el área.
Un caso escandaloso es el funcionamiento de una clínica privada dentro del hospital público, teniendo en cuenta que el 77.78% de los ingresos de la clínica se va directamente a los médicos que la administran; por ello la comisión ha pedido el cierre inmediato de la clínica, y que estos ambientes sean ocupados por el área de Emergencia.
También se encuentra como segundo punto la contratación irregular e innecesaria de personal dentro del hospital y las conductas reprochables de los trabajadores, como el consumo de bebidas alcohólicas dentro del nosocomio, el cual se encuentra filmado, o la agresión de un efectivo de la PNP, entre otras inconductas.
La selección del concesionario de la playa de estacionamiento del nosocomio también habría sido de manera irregular, ya que se habrían modificado las bases del proceso para direccionar la concesión al actual ganador; otros hechos irregulares dentro del nosocomio es el deficiente tratamiento de los residuos sólidos biocontaminados y una falta de dotación de oxigeno en varios ambientes del hospital.