La Contraloría de la República encontró una grave irregularidad en el diseño del Plan de Desarrollo Metropolitano (PDM) y el Plan de Acondicionamiento Territorial (PAT); ante esto, se ha realizado la solicitud formal a la Fiscalía para que inicie la investigación preliminar contra el alcalde provincial de Arequipa, Alfredo Zegarra.
Las investigaciones también se ampliarían a seis funcionarios de la comuna, quienes estuvieron involucrados en la elaboración de ambos planes; según las primeras indagaciones, habría ocurrido un direccionamiento para que la Buena Pro sea otorgada a la empresa española GR Arquitectos, cuyo trabajo fue seriamente observado por el colegio de Arquitectos, por lo que se tuvieron que reformular ambos documentos, que aún no son aprobados por el Municipio, hasta la fecha.
Los delitos por los que serian investigados son de negociación incompatible y aprovechamiento indebido del cargo; el caso es llevado por la magistrada Ángela Vega, quien ha iniciado las citaciones de testigos para las declaraciones de ley, entre ellos se encuentran Carlos Perea Barreda, Luis Begazo, Carlos Moya, Manuel Gallegos, Ángel Manrique y Pedro Valdivia.