Las reparaciones civiles solicitadas para los implicados en el caso Arequipa – La Joya recién serán conocidas en el inicio del juicio. El monto de lo que se pedirá como pago al expresidente regional, Juan Manuel Guillén, y los otros 20 incluidos en las investigaciones será determinado por la Contraloría General de la República.
Dicho organismo fue el que inició las investigaciones de control de obra, siendo incluida por ello en el proceso. Las irregularidades encontradas en la elaboración de los términos de referencia de dicha licitación fueron el detonante para que la Contraloría ponga en conocimiento de la Fiscalía el caso.
Luego de las indagaciones pertinentes, Contraloría envió carpetas de control con las conclusiones de lo investigado. Estas fueron presentadas ante la Fiscalía Especializada en Delitos de Corrupción de Funcionarios de Arequipa, siendo la fiscal Karina Barrientos la responsable de la investigación.